گمرک فرودگاه بین المللی امام خمینی در سی کیلومتری جنوب تهران در جاده تهران-قم واقع شده است و گمرک شهریار نزدیک به گمرک غرب در جاده قدیم کرج در حال فعالیت می باشد. زمانی که کالایی از طریق مرزهای دریایی وارد کشور می شود به بنادر گمرکی رفته و مراحل ترخیص کالا در آن جا صورت می گیرد. از جمله مهم ترین این گمرکات می توان به گمرک بندرعباس(گمرک شهید رجایی و گمرک شهید باهنر)، گمرک بندر امام خمینی ، گمرک بوشهر، گمرک خرمشهر، گمرک چابهار و گمرک گناوه اشاره کرد.
هنگامی که شرکتهای بازرگانی ، کالا را از طریق مرزهای هوایی انجام دهد باید از گمرک فرودگاه امام خمینی در تهران اقدام به این کار نموده و تشریفات گمرکی جهت ترخیص کالا در آن جا صورت خواهد پذیرفت. لازم به ذکر است که کالاهای وارد شده از طریق مرز هوایی دارای شرایط خاص می باشند. به عنوان مثال از لحاظ حجم و وزن زیاد بزرگ نیستند، و یا صاحب کالا در زمان کوتاهی نیازمند آن می باشد. البته کالاهایی با حجم بالا نیز توسط خطوط هوایی جا به جا می شوند اما هزینه های آن بسیار بیش تر از سایر راه های حمل و نقل می باشد. .